Način nabiranja iztrebkov volkov vpliva na genetsko analizo

Na Oddelku za biologijo se že vrsto let ukvarjamo z analizo neinvazivnih genetskih vzrocev. To so vzorci živali, ki jih naberemo posredno preko iztrebkov, urinskih vzorcev, sline, lahko pa tudi npr. perja ali dlake.  V projektu SloWolf smo vzpostavili monitoring volkov, ki se ga od leta 2010 dalje izvaja vsakih nekaj let.

Za monitoring volkov so pomemben vir DNK vzorcev iztrebki. Na žalost je uspešnost genotipizacije (določiti istovetnost osebka) iz iztrebkov razmeroma nizka, kar opažajo tudi drugod po svetu. Stenglein s sod. so leta 2010 pregledali študije, da bi ugotovili kakšen način nabiranja vzorca je najbolj optimalen. Ugotavljajo, da je analiza manjkrat uspešna, če se nabere večja količina materiala iz notranjosti iztrebka. Za tako nabrane vzorce je tako zapravljen čas in denar potreben za nabiranje vzorca in analize v laboratoriju. Poskusi z različnimi laboratorijskimi pristopi za izboljšanje so bili vedno jalovi. Tako je običajno uporabnih le približno 45% vzorcev.

V letih 2015/2016 smo s kolegi s Slovaške izvedli pilotno študijo monitoringa volkov v Visokih Tatrah. Pobiranje iztrebkov in urina je potekalo v zimskem času. Nabiralci so v posodico za nabiranje postrgali le površino iztrebka in v primeru, da to ni bilo izvedljivo, iz zašiljenega konca v posodico dali za grah velik kos iztrebka. V laboratorij je prišlo veliko posodic, za katere smo mislili, da v njih ni nič razen tekočine za konzerviranje. Ko smo do konca izvedli genotipizacijo, nas je čakalo presenečenje. Uspešnost genotipizacije slovaških vzorcev volkov je bila izjemno visoka, saj smo uspeli določiti genetski zapis v več kot 70% vzorcev.

Za kar se da uspešno analizo vzorca zato nabirajmo iztrebke tako, da s palčkami postrgamo površino iztrebka kjer se nahaja sveža, posušena ali zmrznjena sluz in jo shranimo v posodico. Tam so namreč celice črevesne sluznice volka, ki jih potrebujemo za uspešno genotipizacijo. V posodico NE naberemo veliko iztrebka. Če se zdi, da s strganjem ne bomo nič dosegli (močno zamrznjen ali posušen iztrebek), lahko poleg strganja še z zašiljenega konca iztrebka odvzamemo za grah velik košček blata in ga damo v posodico. Ključno je, da iztrebka v posodico ne damo preveč – gotovo tukaj pride v veljavo pravilo manj je več.

 

Roman Luštrik & Tomaž Skrbinšek

Katedra za ekologijo in varstvo okolja
Oddelek za biologijo
Biotehniška fakulteta
Univerza v Ljubljani

Stenglein, J. L., De Barba, M., Ausband, D. E., & Waits, L. P. (2010). Impacts of sampling location within a faeces on DNA quality in two carnivore species. Molecular Ecology Resources, 10(1), 109–114. http://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2009.02670.x